Scientology Kirken er en religiøs gruppe med en anselig hierarkisk organisation og ledelse. Det nederste lag i hierarkiet udgøres af markauditorerne og de Dianetics grupper, de leder. Det næste niveau udgøres af Scientology missioner, som leverer grundlæggende Dianetics og Scientology servicer. Disse er en slags missionsstation, som sigter mod at få nye medlemmer. Når en missionsstation vokser, og dens aktiviteter udvides, bliver den som oftest til en Scientology kirke. Scientology Kirkens præster varetager menighedsmedlemmernes ægteskabelige, familie- og andre problemer og udfører Scientologys religiøse ritualer såsom navngivnings-, vielses- og begravelsesritualer. Desuden forretter de søndagssamlinger.
Saint Hill organisationer er centralkirker med speciale i højere uddannelse af auditorer. Der findes sådanne centralkirker i Los Angeles, Sydney, East Grinstead i England og i København. Flag Service Organisationen i byen Clearwater i delstaten Florida i USA er det spirituelle hovedkvarter for alle verdens scientologer og leverer de højeste religiøse tjenester. Flag Ship Service Organisationen leverer den højeste auditering af alle (OT VIII). Dens uddannelse finder sted på Freewinds i det Caribiske Hav.
Moderkirkefunktionen udføres af Church of Scientology International i Los Angeles, hvor for eksempel verdensomspændende missionskampagner tilrettelægges, træningsmateriale sammenstilles, og Hubbards religiøse værker oversættes til mange sprog.
