På verdensplan er Scientology Kirken struktureret i forskellige kirker med forskellige navne ifølge status og størrelse.
På det laveste trin findes Scientology og Dianetics grupper og missioner. Disse er små grupper af scientologer ledet af en eller flere ordinerede præster, som udfører de mest grundlæggende former for åndelig vejledning og religiøse ceremonier, og som samles for at studere Scientologys hellige skrifter, men på laveste trin. De kan ikke ordinere eller uddanne præster eller administrere OT (opererende thetan) niveauernes religiøse auditeringstrin.
På næste trin findes Scientology kirker. De kan uddanne og ordinere præster og udføre auditering op til trinnet clear.
Over disse kommer de avancerede kirker. De uddanner præster af højeste trin og udfører pastoral vejledning af nogle af de opererende thetan-trin.
Scientology Kirkens Flag Service Organisation i Clearwater, Florida, er den højeste af alle de avancerede organisationer. Den uddanner folk på de højeste, præstelige trin, og scientologer tager dertil for at nå de høje OT-trin.
En særlig ting er den Scientology Kirke, der har til huse på skibet Freewinds, et skib der sejler blandt de Caribiske Øer, som har ansvaret for et særligt OT-trin, som ikke kan opnås andre steder.
Denne måde at strukturere religiøse tjenester på er almindelig inden for næsten alle kendte religioner, idet de forskellige trin til uddannelse af gejstligheden ikke er tilgængelige i alle centre og kun på de centrale institutioner (Rom, Tibet, Tel Aviv, Mekka). Det er her, missionærerne, munkene eller præsterne kan modtage ordinering på de højeste niveauer.
Med hensyn til Scientologys religiøse samfund udgør det et ægte samfund af præster og religiøse personer, som bor sammen, totalt helliget kirkens formål og uden verdslige forstyrrelser og tidsspilde.
Endelig er der Søorganisationen. Den er opkaldt efter det oprindelige mandskab på de skibe, som grundlæggeren havde kommandoen over i de tidlige dage. Den har 5 hovedsæder i verden, som udfører forskellige funktioner, men der er desuden missionær- og medlemsgrupper i mange af de lande, hvor Scientology er repræsenteret. De 5 hovedsæder ligger i East Grinstead (Storbritannien), København, Los Angeles, Clearwater, Florida og Sydney. Det er i disse hovedsæder, man i højere grad end andre steder kan fornemme den ægte samfundsånd, der kommer til udtryk i missions- og andet pastoralt arbejde. Selvom Scientologys præster ikke er pålagt cølibat, minder disse samfund i deres funktion og helligelse om mange andre religioners kirkesamfund deriblandt den katolske kirkes. Medlemmer af Søorganisationen følger en meget streng etik, som omfatter strengt etiske og monogame seksuelle forhold, fuldstændig afholdelse fra brug af stoffer og fuldstændig opofrelse af ens liv for at opnå religionens mål.
Naturligvis påhviler uddannelsen af præsterne på de højeste trin, auditeringen til det højeste trin af opererende thetan, præstegerningen på de højeste organisationstrin og ansvaret for Scientologys etikniveau på et internationalt niveau kun medlemmerne af Søorganisationens religiøse orden, som udelukkende er helliget dette arbejde.
