Et udvalg af forskellige bekymringer synes at have stimuleret opposition til Scientology inklusive dem, der som regel vækkes i forbindelse med nye religioner i almindelighed.
For det første kan Scientology vække mistanke, fordi den påstår at udlede åndelig indsigt fra anvendelse af rationelle procedurer. De, der går ind for traditionel religion, betragter almindeligvis religiøse værdier som helt ud over det rationelle og bliver måske stødt af den idé, at religiøse sandheder eller åndeligt udbytte kan opnås gennem tekniske midler – midler forskellig fra deres egen hellige opfattelser af tilbedelse og moral. Rationelle procedurer og systematisk indlæring karakteriserer videnskab, teknologi og økonomi snarere end en søgen efter gammel, religiøs sandhed eller åndelig oplevelse. Fordi Scientology forbinder åndelige mål og rationelle, tekniske (og faktisk teknologiske) midler, tenderer de, der går ind for etableret religion, til at fordømme den som ikke ”virkelig” religion. De betragter den som falsk, fordi den udnytter moderne viden snarere end gamle formler, minimerer eller giver afkald på så almindelige religiøse begreber som sakralitet og ritual og antager en pragmatisk orientering til at forfølge religiøse mål. Idet de ignorerer det omfang, som religiøs given og donationer er nødvendige for alle religiøse organisationer, ser de også, at i Scientology kræves tilhængere at betale for udgifterne til deres undervisning som alt for handels- og forretningsagtigt, for direkte et spørgsmål om betaling for service til, at det er passende for en religion. Derfor bliver de økonomiske arrangementer af Scientology repræsenteret som udbyttende og diskvalificerer derfor den bevægelse som en religion. Men dem, der fremkommer med sådan kritik, erkender ikke, at i etablerede kirker udføres bydende finansielle krav uundgåeligt rettet mod tilhængere, som i betaling for en messe i den katolske kirke, i indførte velgørenhedskontrakter i nogle protestantiske trosretninger eller i tiende afkrævet i fortiden af de større kirker, og som stadig kræves i utallige kristne sekter. Disse opkrævninger synes kun at være af en anden slags, fordi betalingsprocedurerne ofte er stadfæstet gennem gammel skik eller er blevet stadfæstet gennem bibelsk hjemmel. Kritikere af de økonomiske arrangementer af Scientology Kirken ignorerer den fundamentale, funktionelle lighed mellem de økonomiske procedurer af traditionelle religioner, ganske enkelt fordi formen adskiller sig og i kraft af den ælde og hellighed, som de normalt er iklædt.
For det andet lover Scientology terapeutisk fordel i at frigøre enkeltpersoner fra virkningen af tidligere traumatiske oplevelser. Det løfte kan forekomme konventionelle udøvere af psykiatri at være en udfordring både til de teoretiske antagelser i deres praksis og mere specielt til de teknikker, de anvender. Derfor er to grupper af fagfolk, gejstlige og psykiatere, som kan siges at have personlige interesser i disse sager, tilbøjelige til at stimulere opposition mod Scientology, og hver af dem har en bredere kreds af professionelle (lærere og læger for eksempel) og af et stadig bredere publikum af lægfolk, som de kan påvirke.
For det tredje beslutter nogle af dem, der tager imod Scientology, at gennemgå yderligere uddannelse for at blive kvalificerede Scientology auditorer og opgive mere konventionelle karrieremuligheder. Forældre, slægtninge og venner, der ikke er indviede i Scientology, kan se på en sådan beslutning med ængstelse. Hvis et køligt forhold til familie og venner følger sådan et religiøst valg, som det nogle gange har været tilfældet, giver dette yderligere ammunition for dem, der er imod denne nye religion – det bliver i deres øjne ”en kult, der splitter familier”.
Scientology Kirken, som kontrast, hævder, at åndeligt udbytte kan blive realiseret i det nutidige liv. Scientology anfører, at alle ifølge iboende natur er gode, og underviser i, at alle skal tage ansvar for sit eget liv og aktiviteter.
For det fjerde kan et mere generelt og diffust aspekt af den kulturelle etik af Scientology stimulere yderligere opposition. Traditionel kristendom arver en bred asketisk orientering til verden og har dyrket, udover kirkerne eller deres menigheder, antagelser om den essentielle karakter af sand religion, nemlig at religion bør være højtidelig, fremme en asketisk etik og være bundet til opofrelse af jordnære bekvemmeligheder i den interesse at forberede belønning i et liv efter døden. Den har været optaget af at indgyde mennesket en følelse af sin iboende syndighed og sin manglende evne til gennem sine egne anstrengelser at opnå frelse. I stedet blev folk pålagt kun at være afhængig af en frelsergud. Scientology Kirken, som kontrast, hævder, at åndeligt udbytte kan blive realiseret i det nutidige liv. Scientology anfører, at alle ifølge iboende natur er gode, og underviser i, at alle skal tage ansvar for sit eget liv og aktiviteter. For kirkerne er en religion, som afviser menneskehedens iboende syndighed, allerede en fornærmelse, men denne udfordring bliver ikke mindre af den kendsgerning, at den etik, som Scientology omfatter, har meget tættere affinitet med etos fremherskende i den verdslige, vestlige verden fra slutningen af det 20. århundrede, en etos med eftergivende hedonisme, understregende menneskelig lykke og opmuntring for folk til at realisere deres fulde potentiale. Selv mange ikke-religiøse mennesker, der accepterer en verdslig, hedonistisk orientering til verden, er ikke rede til at anerkende en doktrin som religion, som opgiver den højtidelige fordømmelse af hele menneskeheden som syndere, og, så lidt som de måske bevidst accepterer den traditionelle kristne position, modsætter de sig ikke desto mindre en religion, som i disse fundamentale sager adskiller sig fra det. Fordi nogle endnu ikke er klar til at opgive det traditionelle syn på verden, og fordi andre mener, at selvom de ikke selv støtter den etik, er det ikke desto mindre et anliggende for religion at gøre det, så drages meget forskellige sektioner af offentligheden sammen i opposition mod den nye Scientology religion.
