Da afvigende former af kristen tro efter reformationen opnåede en vis mængde stabile tilhængere og fremstod som nye religiøse bevægelser, stødte de næsten altid på ekstrem intolerance. Hutteritterne, som oprindeligt startede i Tyrol, blev gentagne gange slået ihjel og tvunget trinvis til at flygte fra det ene sted til det andet over hele Centraleuropa. Kvækerne i England led vedvarende chikane i slutningen af det 17. århundrede, og mange af dem blev fængslet for deres tro. De tidlige metodister i det 18. århundrede blev hyppigt overfaldet, og nogle af deres kirkesale brændt. Lokale ordenshåndhævere og dommere var ikke sjældent part i en sådan forfølgelse, de stimulerede pøbelen og betragtede disse lovlydige religiøse som syndere – snarere end som ofre. I slutningen af det 19. århundredes England blev de tidlige tilhængere af Frelsens Hær udsat for lignende fjendtlighed. På bare ét år blev mere end 600 af dens ”soldater” angrebet af ”bøller”, som medlemmer af Frelsens Hær mente var ansporet af den indflydelsesrige bryggeriindustri. I løbet af nogle få år blev på den anden side et lignende antal Frelsens Hær-personale fængslet på tvivlsomme og måske falske anklager såsom at spærre landevejen. I Schweiz i 1890’erne blev de tiltalt for bedrageri og økonomisk udnyttelse, anklager i lighed med dem som var blevet brugt imod mormonkirkens missionærer i Skandinavien tidligere i århundredet.
Tidligt i det 20. århundrede blev opposition til nogle nye religioner udtrykt i forskellige former: Christian Science (Kristen Videnskab) var bittert fordømt både for deres påstande om, at åndelig helbredelse og nægtelsen af realitet af materie, men fordømmelse var stort set litterær spændende fra satire af Mark Twain til alvorlige angreb af den ansete historiker H.A.L. Fisher, blandt et sandt bibliotek af fjendtlige kommentarer fra gejstlige, læger og i lettere grad en genre af smædeskrifter, tegneserier og satiriske romaner. Opposition til Jehovas Vidner, stadig anset som en ny bevægelse i første halvdel af det 20. århundrede, var ofte mere fysisk udtrykt. De var udsat for masse-vold i USA under anden verdenskrig, og nogle af dem blev dyppet i tjære og rullet i fjer. De blev forfulgt for at nægte at gøre honnør for flaget og synge nationalsangen ikke kun i USA, men i lande så forskellige som Malawi, og deres militærnægtelse gjorde dem retsforfulgt i Frankrig, Spanien og Grækenland selv i de seneste årtier. I Quebec blev denne generelt lovlydige sekt skånselsløs forfulgt af regeringens ordenshåndhævere i løbet af 1940’erne og ’50’erne på baggrund af en bred vifte af påståede overtrædelser af loven. Eksemplerne kunne blive mangedoblet – de tjener til at illustrere den fortsatte udbredelse af religiøs intolerance og den tilbagevendende opposition til nye religiøse organisationer og nye opfattelser af religiøs praksis.
Hvad, alle disse eksempler har til fælles, er, at disse forfulgte sekter alle på deres tid var relativt nye mindretals religiøse bevægelser. Fordi de nedværdigede sig til at afvige fra en eller anden forskrift fra etableret religion eller valgte at have deres egne forestillinger om guddom, frelse og tilbedelse, eller fordi de udfordrede normer for det moderne, verdslige samfund, blev de genstand for mistillid og blev betragtet som kilder til sociale forstyrrelser.
